Ente di diritto pubblico cui è demandata l'organizzazione e il potenziamento dello sport nazionale e di promuovere la massima diffusione della pratica sportiva è disciplinato dal decreto legislativo 23 luglio 1999, n. 242 e successive integrazioni e modificazioni.

Il comma 19 dell'art. 1 del D.L. 18 maggio 2006, n. 181, convertito in legge, con modificazioni, dall'art. 1 della Legge 17 luglio 2006, n. 233 ha attribuito al Presidente del Consiglio dei Ministri (o al Ministro da lui delegato) le funzioni di competenza statale attribuite al Ministero per i beni e le attività culturali dagli articoli 52, comma 1, e 53 del D.Lgs. 30 luglio 1999, n. 300, in materia di sport.

Il Dipartimento per lo sport, Servizio I, esercita compiti di vigilanza sul CONI.

Tale attività consiste in un controllo di legittimità e, in talune ipotesi, di merito sull'attività posta in essere dal Comitato. 
In particolare, la Presidenza del Consiglio dei Ministri, di concerto con il Ministero dell'economia e delle finanze:

• approva entro sessanta giorni le modifiche allo Statuto (art. 2, comma 2, d. lgs. n. 242/1999);
• stabilisce con decreto il compenso spettante agli organi del CONI (art. 3, comma 2-bis, d. lgs. n. 242/1999);
• nomina con decreto il Collegio dei revisori e designa anche uno dei componenti (art. 11 d. lgs. n. 242/1999);
• approva entro 20 giorni i provvedimenti e le deliberazioni adottati dagli organi del CONI (art. 13 d. lgs. n. 242/1999 e art. 1, comma 3, legge 31 gennaio 1992, n. 138);
• ha poteri di revoca del Presidente e scioglimento della Giunta con facoltà di nominare un Commissario straordinario (art. 13 d. lgs. n. 242/1999);
• approva, previo parere del Ministero dell’economia e delle finanze, il bilancio preventivo, bilancio d'esercizio e le variazioni di bilancio nel corso dell'anno.